O SEI possui diversas funcionalidades e permitem estabelecer a gestão de documentos de forma sistematizada por meio de:
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produção de documentos dentro do ambiente do próprio sistema e assinatura eletrônica;
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controle do nível de acesso, gerenciamento e o trâmite de processos e documentos restritos e sigilosos, conferindo o acesso somente às unidades envolvidas ou a usuários específicos;
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criação de modelos de documentos;
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criação de textos padrão;
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criação de Base de Conhecimento dos processos (fluxo de trâmite do processo);
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autuação do documento em qualquer unidade administrativa e tramitação em múltiplas unidades, que podem ser demandadas simultaneamente e manifestar-se no mesmo expediente administrativo;
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acompanhamento especial do andamento dos processos de interesse da unidade;
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controle de prazos; estatísticas da unidade e tempo do trâmite do processo;
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assinatura de documentos por meio de blocos de assinatura;
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organização interna de processos em bloco;
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sobrestamento de processos;
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pesquisa em todo teor, nos casos de processos públicos;
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inspeção administrativa, com fornecimento de estatísticas da unidade (tais como: tempo de trâmite do processo, quantidade e tipos de documentos gerados);
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acesso externo ao processo (gerencia o acesso de usuários externos aos expedientes administrativos que lhes digam respeito, permitindo que tomem conhecimento do teor do processo e, por exemplo, assinem remotamente contratos e outros tipos de documentos);
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dentre outras funcionalidades.
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O SEI tem ainda vantagens tecnológicas e econômicas importantes para as organizações públicas:
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Portabilidade: 100% Web e acessado por meio dos principais navegadores do mercado: Internet Explorer, Firefox e Google Chrome;
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Acesso Remoto: pode ser acessado remotamente por diversos tipos de equipamentos, como microcomputadores, notebooks, tablets e smartphones de vários sistemas operacionais (Windows, Linux, IOS e Android). Isto possibilita que os usuários trabalhem a distância;
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Sistema intuitivo: estruturado com boa navegabilidade e usabilidade;
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Economia nos contratos de compra de papel; em outsourcing, material de escritório e serviço de postagem, redução de custos em logística e transporte de documentos, e permite maior produtividade, rapidez, transparência e segurança aos trâmites administrativos.